在认证实施方面，办法明确有机配料含量等于或高于95%的加工产品，在获得有机产品认证后，方可在产品或产品包装及标签上标注“有机”字样，加识有机产品认证标志，认证机构不得对有机配料含量低于95%的加工产品进行有机认证。
在认证证书和认证标志方面，办法明确了认证机构应当在7天内撤销认证证书的多种情形，包括获证产品生产加工活动中，使用了有机产品国家标准禁用物质或受到禁用物质污染的，获证产品的认证委托人虚报、瞒报获证所需信息的，获证产品的认证委托人超范围使用认证标志的等等。
办法同时明确，未获得有机产品认证的或获证产品，在认证证书标明的生产加工场所外，进行了再次加工、分装、分割的，任何单位和个人不得在产品产品最小销售包装及其标签上标注“含有有机”等字样，且可能误导公众认为该产品为有机产品的文字表述和图案。不过联合国粮农组织和世界卫生组织营养专家组专家李铎也提示，有机二字针对的是产品的生产方式，有机产品并不等同于健康产品。
李铎：有机食品和健康食品是两个概念，有机食品的成份，比如有机芹菜、有机胡萝卜，它的营养成份和平时种的萝卜、芹菜没有任何区别，有机就是在不上化肥、不用农药这种土壤和环境下生产的食物，我们把它叫做有机食物，与它的营养成份没任何关系。
