但是，对于上述规定的可行性，质疑声音渐起，原因是目前从法律定义上“转基因食品”概念没有规定。转基因食品标识的规定，最大可能是陷入有法难依的尴尬境地。
原卫生部曾经出台《转基因食品卫生管理办法》，规定食品产品中（包括原料及其加工的食品）含有基因修饰有机体或/和表达产物的，要进行标注。但该管理办法已于2007年12月1日废止。目前，只有农业部颁发的《农业转基因生物标识管理办法》，但仅规范了转基因生物的标识。
实际上，上述两管理办法对转基因标识都是“零容忍”，采用“包含既标注”的原则，即只要有任何一个环节加入转基因产品，都要标识。从目前已有经验看，“零容忍”的转基因强制标识制度不具经济上的可操作性，如果严格执行“包含既标注”，那么中国一夜之间会冒出许多需要标识的转基因产品：市面上的木瓜九成以上是转基因的；很多进口食品、可乐等饮料中都含转基因玉米成分；用转基因大豆油制作的食品、烹饪的菜肴等都应该标识。
而且，标识将产生成本，消费者很快就会尝到食品价格抬升的后果。欧盟和日本早前在转基因标识上都遇到过相同问题，应对的办法就是不断修改标识法，放松监管标准。根据原中国农科院水稻所生物工程系主任王大元统计，目前全球约有90个国家制定了转基因标识法。其中，美国、阿根廷无需标识，欧盟含转基因成分0.9%以上需要标识，日本、韩国各为5%、3%以上含量需要标识。
美国至今未强制要求转基因标识。在美国，转基因食品的安全性和标识问题归国家食品和药品监督管理局（FDA）管。FDA的观点是，转基因食品和传统食物并没有实质性的区别，即“实质等同”原则，没有必要给转基因食品贴标签。因此，即使有些国家实施转基因标识，也不意味着转基因产品有安全性问题，而主要以保护消费者的知情权为出发点。
在满足公众知情权同时，不应留下选择性执法和监督的空间。全国人大常委会委员周天鸿担忧，将来就会出现选择性执法，监管部门想查谁就查谁，企业之间不正常竞争也可以钻这个法律空子。
未来，中国对转基因食品标识管理应该进行调整，“零容忍”难以为继，出路有两条，要么限量标识，要么不标识。
