能克虫亦能克人？
中国科学院院士许智宏：“国际上至今没有一项权威技术发现，转基因食品对人体有害。”
围绕转基因食品最大的疑虑，在于其是否真正安全。有不少人提出，转基因食品的危险是隐性的，在现有科学条件严格检验下是安全的，但几十年后才可能有“潜伏的”危害性显现出来。会不会出现类似于早期的四环素那样，用过近10年后人们才发现其有害的一面。同时，面对转基因食品这一新鲜事物，现有的科技审查手段及标准会不会跟不上脚步？
有不少网友提出自己的观点：转基因产品没有做人体试验，而是以白鼠替代实验，公众对这种方式的有效性表示怀疑。此外，一些转基因作物农药打不死、虫子也不吃，人们对此难以理解。“能够克农药、克虫子的产品，难道不会克人类吗？”
针对转基因食品究竟能不能吃的问题，农业部科教司转基因生物安全管理与知识产权处处长寇建平说，我国是主要的大豆进口国，2013年进口大豆6338万吨，其主要来源地包括美国、巴西、阿根廷，而这三个国家都是大豆生产国，其中，美国转基因大豆种植面积达93％，阿根廷是100％，巴西是92％。“简单地说，我家吃的食用油，就含转基因。作为科研工作者，能够利用转基因这一高新技术去推动社会的发展，我表示支持。”
至于转基因食品未来是否具有潜在的危害性，中国工程院院士、中国农科院副院长吴孔明表示这个问题很难回答。“比如用手机是否有辐射，让这个人用20年后看脑子有没有长瘤子，孙子再用20年，然后得出长没长瘤子的结论，这种方式是不可行的，会错失很多发展的机遇。”
中国科学院院士、北京大学原校长许智宏表示，在转基因食品的安全性评价试验过程中，采取大大超过常规使用剂量的超常量试验，应用一系列世界公认的实验模型、模拟试验、动物实验方法，完全可以代替人体试验并进行推算长期使用对人体是否存在安全性问题。“国际上至今没有一项权威技术发现，转基因食品对人体有害”。
至于“虫子都杀死了，人不也中毒了吗？”的疑问，中国种子集团生命科学技术研究中心常务副主任黄广伟表示：“基因不是万能的，一个基因只能杀死一种虫子，其他虫子或动物吃了没有任何影响。”
滋生“超级杂草”？
美国科学院院士PeterH.Raven：“人们担心转基因从某些种植的作物转移到其他种植的作物当中，这种威胁是想象出来的。”
“转基因食品在理论上至少存在潜在危险，使自然和生态环境失衡。”对于转基因技术，有人担心，如果转基因作物的基因通过授粉等途径向四周“漂移”，可能会引发生态危机。与新药开发不同，转基因食品面向全人类的生态环境，将来一旦出现问题，影响非常大。要创新就要冒风险，但转基因食品的这个风险太大，而且是否必须要冒险？
吴孔明认为，转基因育种不违背生物进化规律，基因育种方式与传统农业育种都是在分子水平上改变作物的形状，没有本质区别。转基因技术是人类最新的育种驯化技术，是一种更准确、更高效、更有针对性的定性育种技术。转基因育种技术与传统育种技术一样，并不违背自然界生物进化规律。
有生态人士提出，种植转基因抗除草剂作物是否会产生“超级杂草”并破坏生态环境？吴孔明说，耐除草剂的草肯定会有，就像人吃抗生素一样。比如种水稻种久了，水稻自己就变了。“超级杂草”只是一个形象的比喻，目前并没有证据证明“超级杂草”的存在。转基因抗除草剂作物不会成为无法控制的超级杂草，种植转基因抗除草剂作物也不会使别的植物变成无法控制的杂草。
美国科学院院士、中国科学院外籍院士PeterH.Raven说：“人们还担心转基因从某些种植的作物转移到其他种植的作物当中，这种威胁是想象出来的，世界上有2万种杂草，很多杂草都在侵蚀着我们的土地，而且在不断蔓延，有些人觉得转基因也会带来这样的问题，会带来这样侵略性的植被。与其担心这个，远不如担心这2万多个有侵略性的杂草。”
如何防止偷偷种植？
中国工程院院士吴孔明：“经过十多年严格执法，目前大规模种植是不可能的，但不排除有个别逃避监管的现象。”
近来有媒体报道，湖北武汉地区周边市场上销售的大米中5袋中3袋含有转基因成分，引起社会广泛关注。
专家指出，按照目前法律法规，我国并没有批准任何一种转基因水稻的商业化种植，也没有批准转基因大米的进口，这也就意味着，市场上出现的转基因大米和米制品都是非法的。
吴孔明指出，我国对转基因作物的相关管理始于2001年，但此前，我国没有对此任何法律法规，并不排除有农民种植转基因作物觉得种得好，就自己偷偷种。“经过十多年严格执法，目前大规模种植是不可能的，但不排除有个别逃避监管的现象。但2001年后，我国的监管非常严格，发现一起，查处一起。”
早在2005年，湖北曾发生过小面积转基因水稻非法扩散事件。事发后，湖北省农业厅及时采取措施，对转基因水稻全部进行了铲除。调查发现，事故是由于承担转基因水稻生产性试验的单位擅自扩大试验规模。
寇建平指出，我国对转基因的安全管理非常严格，农业部每年开展安全监管执法工作，新品种区试和审定环节都有转基因成分检测，所有进入开放环境的种植试验都需要审批。此外，所有研究试验都在严格监管情况下进行。总的来说，没有种子不可能大规模种植，我国转基因作物种植总体可控。
受外国利益集团控制？
农业部官员寇建平：“我国开展转基因的安全性研究工作是由国家财政资金资助，能否产业化由中央政府决定。”
2013年6月，东北某省大豆协会发布报告称，部分地区肿瘤发病集中可能与转基因大豆油有极大相关性。
类似“转基因危害人体、破坏生态，甚至生物武器”等言论在网络上并不鲜见。有人提出，外国人虽然种植转基因作物，但只用于出口，本国人不吃。甚至有网友猜测，我国转基因产业化是受某些利益集团推动，一些从事转基因研究的科学家还被称为“汉奸”。
