在目前这场转基因争论中，无论是“挺转”的还是“反转”的，都拿出了有利于各自的观点和证据，但是，如果仔细分析就会发现，转基因争论涉及了科学议题、政策议题和社会议题等不同层面，每个议题都有自己的核心关键词，而现在很多问题的讨论不在一个层面上，不在一个范畴里，往往是鸡同鸭讲，各说各话，谁也说服不了谁。
第一个议题——科学议题的核心词是“安全”。转基因到底是否安全，需要从科学研究的角度给予解释。从研究结果来看，科学家有比较充分的证据表明，转基因技术和产品中涉及的安全问题，没有超过目前已知的各种安全风险，也就是说，从以往实验数据的归纳结果来看，转基因技术的安全性是有保障的。但是，公众一个很简单的问题就把科学家问倒了：转基因现在安全，并不意味着未来几十年就一定是安全的。应当说，这是归纳逻辑的“死穴”，如同“罗素火鸡悖论”一样，归纳逻辑无法对“不确定的未来”给出一个可靠的预测，概率很小的“黑天鹅”很可能会出现。
一些“挺转”的科学家提出，转基因产品得不到公众的认同，是因为公众对转基因技术的了解有限，只要科学家们站出来，大力宣讲普及转基因的知识，促进公众对转基因技术的理解，公众就会逐渐支持转基因。中国科学技术发展战略研究院最近做的一项调查研究发现，中国公众对转基因的了解程度整体上比较低，而随着了解程度提高、教育水平提高，接受转基因产品的可能性增大。这项研究似乎佐证了科学家们的观点，但是从现实来看，如果是受教育程度较高的公众人物强烈“反转”，经过媒体传播后对公众认知造成的负面影响也会很大。况且，对科学知识和科学方法的了解越透彻，越有可能对转基因的安全性评判方法提出质疑，科学不是万能的，能做的事情是有“边界”的，真正严谨的科学研究是无法回答前述的“归纳逻辑困境”的。更何况，公众科学素质比我们高很多的欧美国家还有那么多人反对转基因，原因应当是在“科学”之外。
转基因争论的第二个议题——政策议题的核心词是“风险”。决策者在考虑是否推动转基因技术商业化时，必须要认真研究政策实施所带来的各种“风险”。“挺转”一方指出，如果不加快推动转基因的商业化进程，我们就会落后于其他国家，很可能会错失一个追赶的机会，产业的竞争力可能会被削弱。“挺转”举出的例子包括美国、巴西、阿根廷甚至印度的转基因发展，但现实中还存在欧盟、日本这些对转基因商业化很慎重的例子。只能说各个国家对转基因商业化的态度，是多重因素在发生作用，如政治考量、商业利益、文化心理甚至宗教信仰等，不可概而论之，仅用单一的“竞争力”是无法自圆其说的。
至于“反转”提出的“阴谋论”，既无法证实也无法证伪，根本不是一个可以讨论的严肃命题，只能放到一边不予理睬。
转基因争论的第三个议题——社会议题的核心词是“选择”。“反转”一方提出质疑的原因很大程度就是“公众的知情权”，相对应的是政府的“信息公开”。相对于我们每天面对的空气污染、食品安全等现实问题，转基因这样一个离我们比较“遥远”的技术问题，惹得如此热议，只能说有“科学”之外的其他因素在起作用，而其中对“公众知情权”的关切是一个重要原因。
著名主持人耗资百万不远万里赴美国拍摄纪录片，为的就是要对国内流传的种种传闻给予“澄清”。应当说，纪录片本身并不等于“事实本身”，纪录片是制作者“主观建构”的产物，无论其站在何等“公正”的立场上，其选取的拍摄对象都是“有限的”，所反映的只是“事实的一个侧面”，例如他无法采访老布什总统或者其他政府高官，询问有关“实质等同”的来龙去脉。从这个意义上讲，纪录片只是制作人“个人观点和视角”的一种延伸，只能为公众所关心的问题提供一种“参考”，希冀以此来反驳“挺转”是不能成立的。如果有其他好事者，也可以从另外一个角度去拍摄一部片子。
但是，纪录片本身所提出的问题是有一定意义的，即公众在转基因问题上的“知情权和选择权”。对于转基因这样一个涉及公众利益的敏感问题，如何界定公众的“知情权”是需要深入研究的。现在公众的很多疑问指向政府管理部门的“内部操作”，公开这些“内部情况”并不见得就会打消公众的疑虑，但总是这样下去，只能加深公众的“不理解”和“不信任”。
政府投入巨资用于转基因的研发，但是目前这些成果面临着不能如期商业化的尴尬境地。如此相持下去，指望一方能彻底说服另一方，看来并不现实。既然公众对转基因有“知情权”，也应当有“选择权”。如此，为何不能采取更加公开透明的举措，在发放新的转基因安全证书之后，选择有一些“有种植意愿”的地方，按照“必要的种植规范”，进行区域性的试点种植，对某些“偷偷摸摸”种植的现象予以禁止，同时要求上市产品必须有明确的转基因标识，把“种”与“不种”、“吃”与“不吃”的权利交给公众个人去选择。
总之，对于转基因这样一个涉及多元利益诉求的复杂问题，把“选择权”交给公众，尊重个人的选择意愿，倒不失为解决问题的一个思路，而这需要决策者具有准确判断形势和把握时机的能力，这也应当是治理能力现代化的题中应有之义。
